Помимо случаев наследования признаков с полным доминированием одного признака над другим были открыты случаи неполного доминирования или отсутствия доминирования, когда гетерозигота имеет промежуточный по сравнению с обеими родительскими формами фенотип или совмещает одновременно оба признака родителей.
В подобных случаях можно было бы ожидать, что гетерозиготы, имеющие промежуточный по сравнению со своими гомозиготными родителями фенотип, образуют и гаметы промежуточные. Например, гетерозигота от скрещивания красноцветкового растения АА с белоцветковым растением аа должна дать гаметы с генами, обусловливающими розовую окраску. Однако опыты показали, что подобные гетерозиготы образуют чистые гаметы, в которых изучаемые аллели совершенно не изменяются. Поведение аллелей в гетерозиготе напоминает поведение атомов, образующих молекулы и сохраняющих свои свойства при их распаде.
При рассмотрении микроспорогенеза у растений можно заметить, что в результате двух мейотических делений материнской клетки пыльцы образуется клеточная тетрада из четырех микроспор. Если эти четыре микроспоры образовались действительно из одной клетки с генотипом Аа, то в тетраде микроспор должно наблюдаться расщепление по данным генам в отношении 2А:2а. Но у покрытосеменных состав тетрады учесть невозможно, так как зрелые пыльцевые зерна (микроспоры) из одной тетрады расходятся. У таких растений расщепление можно учесть лишь по совокупности всех пыльцевых зерен. У кукурузы, например, имеется пара аллелей W и w, действие которых проявляется уже в пыльцевых зернах. Доминантный аллель W вызывает в пыльцевом зерне образование крахмала, а рецессивный аллель w - эритродекстрина. Эритродекстрин в отличие от крахмала окрашивается иодом не в синий, а в красноватый цвет. После обработки пыльцы гетерозиготных растений иодом половина пыльцевых зерен окрашивается в синий цвет, а половина - в красный. Таким образом, расщепление соответствует теоретически ожидаемому 1:1.
Благодаря чистоте гамет возможно расщепление и проявление какого-либо признака предка при сохранении рецессивного аллеля в гетерозиготе и его переход в гомозиготное состояние при определенном скрещивании,