В состав оперона входят структурные гены, представляющие собой последовательность нуклеотидов, кодирующих структуру синтезируемых клеткой макромолекул (полипептидов, рРНК, тРНК). Кроме этих генов, существуют последовательности нуклеотидов, не имеющие кодирующих функций, но управляющие работой структурных генов с помощью присоединения к себе различных факторов. Это так называемые акцепторные или регуляторные гены (промотор, оператор, аттенюатор).