Гетерозис наиболее ощутимо проявляется только в первом поколении, постепенно снижаясь в последующих генерациях, что, безусловно, уменьшает экономическую эффективность мероприятий по его получению. Вопросы закрепления гетерозиса представляют определенный интерес для селекции. Проблема гетерозисного закрепления решается сравнительно просто только у вегетативно размножающихся растений, у которых гетерозис гибридов в F1 сохраняется при дальнейшем их вегетативном размножении. Для растений, размножающихся семенами, эта проблема находится в стадии теоретических изысканий или в начальной стадии экспериментальной разработки. Наиболее эффективными способами гетерозисного закрепления считаются переведение гетерозисных гибридов на путь устойчивого апомиктического размножения и полиплоидизация гетерозисных гибридов, вследствие чего скорость гомозиготизации в поколениях снижается и появляется возможность получения эффекта гетерозиса на протяжении пяти-шести поколений.