21.10.2009

Расшифрован геном двух лабораторных штаммов кишечной палочки

Биологи из США, Франции и Южной Кореи секвенировали геном двух популярных штаммов бактерий Escherichia coli, которые применяются в экспериментах по изучению эволюции и рекомбинантных белков.

Самые важные с практической точки зрения типы бактерий E. coli — K-12 и B — используются в исследованиях около 90 лет. Тип К-12 был выделен в 1922 году в Пало-Альто (Калифорния, США), а его геном расшифровали еще в 1997 году. Для того чтобы восстановить историю бактерий типа В, авторам пришлось просмотреть огромный объем публикаций; в результате выяснилось, что первая колония E. coli этого типа была получена в Институте Пастера (Франция) в 1918 году.

Расшифровав геномы двух штаммов бактерий типа В, исследователи сравнили их с известным вариантом последовательности К-12. Геномы, по словам авторов, содержат приблизительно 4,6 млн пар оснований и практически повторяют друг друга: для 92% всей последовательности сходство составляет более 99%. «Самым интересным нам показалось то, что отличающиеся пары оснований распределены по геному неравномерно», — рассказывает участник исследования Сергей Маслов из Брукхэвенской национальной лаборатории (США).

Разделение изученных штаммов — REL606 и BL21(DE3) — относится к 1959 году. Их лабораторная история хорошо документирована, однако исследователи заметили, что она не может объяснить появление всех 426 отличий между последовательностями. По их мнению, в 60-х годах прошлого века при обмене штаммами между лабораториями произошла ошибка (один образец промаркировали неверно). Как только это было установлено, все встало на свои места: появление каждого отличия между геномами удалось соотнести с каким-либо лабораторным экспериментом.

Свои выводы ученые изложили в трех статьях ([1], [2], [3]), которые готовятся к публикации в издании Journal of Molecular Biology.

Дмитрий Сафин

Источники:

1. КОМПЬЮЛЕНТА