24.07.2012

Стартовал конкурс по секвенированию генома долгожителей

Итак, появился первый претендент на $10 млн, предложенные фондом X Prize за технологию секвенирования генома, которая позволит разобраться с ДНК сотни человек в возрасте 100 лет и старше в течение 30 дней и за символическую цену в тысячу долларов за один образец.

Калифорнийская корпорация Life Technologies полагает, что у неё есть шанс.

Конкурс Archon Genomics X Prize состоится в сентябре 2013 года. Его задача — стимулировать развитие технологий, которые повысят точность и снизят затраты на секвенирование человеческого генома, сейчас обходящееся в $3–5 тысяч.

Заявки принимаются до мая следующего года, и организаторы надеются, что конкуренция будет острее, чем в прошлый раз. Предыдущий конкурс, состоявшийся в 2006 году, привлёк небольшое количество участников, и никто из них даже не приблизился к цели.

С тех пор задание упростили: тогда требовалось уложиться всего в десять дней. Кроме того, организаторы решили сконцентрироваться на долгожителях, которые могут быть обязаны каким-то генам.

Победительницей признают группу, которая первой расшифрует все сто геномов на 98% не более чем с одной ошибкой на миллион пар оснований, а также укажет, какими вариантами различаются парные хромосомы. Если же никто не добьётся успеха, выберут того, кто подойдёт к цели ближе всех. Наблюдатели полагают, что именно этим дело и кончится.

Ион Торрент из Life Technologies считает, что у его компании есть неоспоримое преимущество — технология измерения незначительных изменений рН, возникающих при добавлении каждого конкретного основания к растущей цепи ДНК. Большинство технологий секвенирования полагаются на свет, излучаемый при добавлении оснований, что требует больших затрат на оптическое оборудование.

Кевин Дэвис, главный редактор журнала Bio-IT World и автор книги «Геном за тысячу долларов» (The $1 000 Genome), видит главным претендентом на награду фирму Oxford Nanopore Technologies (Великобритания). Недавно она заявила, что вскоре сможет секвенировать геном человека за 15 минут. Её метод подразумевает измерение оснований во время прохождения ДНК через нанометровые отверстия. Правда, Oxford Nanopore Technologies пока не заявляла об участии в конкурсе. Ничего пока не решили также известные на этом рынке Пекинский институт геномики и калифорнийская фирма Complete Genomics.

Подготовлено по материалам Nature News.

Дмитрий Целиков

Источники:

1. science.compulenta.ru