Если перекрест между двумя генами происходит редко, то их сцепление считается сильным и, напротив, если перекрест происходит часто, сцепление слабое. Для измерения силы сцепления растение или животное, гетерозиготное по сцепленным генам, скрещивается с двойным рецессивом, и в потомстве от такого скрещивания подсчитывается число особей, у которых оба гена находятся в первоначальных комбинациях (некроссоверы), и число особей с новой комбинацией (кроссоверы). Выраженная в процентах от общего числа потомков частота появления кроссоверов и характеризует силу сцепления анализируемых генов.
У кукурузы, например, ген С определяет наличие окраски алейрона в зерне, с - отсутствие окраски, S - гладкую поверхность зерна, s - морщинистую. Скрещивание двух гомозиготных линий CS/CS и cs/cs дало в F1 гетерозиготы (CS/cs) по исследуемым признакам.
При анализирующем скрещивании (CS/cs × cs/cs) были получены следующие результаты:
Окрашенные гладкие и неокрашенные морщинистые зерна сохранили родительские комбинации генов - это некроссоверы; окрашенные морщинистые и неокрашенные гладкие зерна с новыми комбинациями генов (кроссоверы) составляют 301 (149 + 152), или 3,6% от общего числа потомков. Таким образом, гены окраски и формы поверхности сцеплены с показателем перекреста 3,6%. Учитывая, что максимальная величина перекреста достигает примерно 50%, можно считать, что в нашем примере сила сцепления генов значительна.