Для проявления доминирования одного аллеля над другим необходимы следующие условия: доминантный аллель должен обеспечивать в достаточных количествах синтез молекул, определяющих специфичность действия гена, а рецессивный аллель - синтез молекул, неактивных относительно данной функции и не вступающих в конкурентные отношения с активными молекулами ни в одной из реакций, в которой те участвуют. Эти условия часто реализуются в биохимических мутантах. Большинство мутаций, затрагивающих структурные гены, ферментов метаболизма приводят к появлению аллелей, полностью лишенных активности. Они контролируют синтез полипептидов с измененной структурой и неактивных полипептидов таким образом, что их присутствие в клетке не влияет на функционирование нормальных ферментов.
Доминантный аллель - это чаще всего наиболее распространенный аллель среди особей данного вида в естественных условиях (дикий тип). Рецессивный аллель - продукт более или менее недавней мутации. Как правило, он элиминируется естественным отбором и может сохраняться только в искусственных популяциях. Например, у дрозофилы сотни мутантных аллелей поддерживаются в генетических лабораториях. Подавляющее большинство их полностью рецессивны по отношению к дикому аллелю. Очень часто у высших организмов рецессивные аллели в гомозиготном состоянии летальны, а в присутствии одного доминантного аллеля в гетерозиготе обеспечивают нормальное развитие организма. Однако необходимо отметить, что доминирование редко бывает абсолютным. Гетерозигота может быть внешне похожа на дикий тип, но при тщательном анализе удается выявить и незначительные различия. Например, гладкие гетерозиготные семена гороха, сходные по фенотипу с гомозиготными, имеют микроскопические различия в структуре зерен крахмала. В данном случае у гетерозигот концентрация фермента, осуществляющего полимеризацию мальтозы, слишком мала, чтобы обеспечить образование правильных зерен крахмала.