Для установления группы сцепления, т. е. принадлежности мутаций к конкретной хромосоме, используют разные методы в зависимости от объекта, его биологических особенностей и генетической изученности, от наличия необходимых тестерных линий и т. д.
Группы сцепления устанавливают с помощью гибридологического метода с участием линий-тестеров, маркированных либо генными мутациями, либо аберрациями хромосом - инверсиями, транслокациями, делениями; с помощью анеуплоидных серий - трисомиков, моносомиков, нуллисомиков; гибридизации соматических клеток; гибридизации нуклеиновых кислот in situ; использования рекомбинантных молекул ДНК.