Цитологическое картирование проводится для установления связи групп сцепления с конкретными хромосомами и определения положения генов в конкретных участках хромосом.
Цитологические карты хромосом строят, используя разные методы. У некоторых видов изучают структуру политенных хромосом у гетерозигот с различными хромосомными перестройками; на объектах, имеющих крупные хорошо различающиеся хромосомы, анализируют дифференциально окрашенные хромосомы в метафазе митоза; используют молекулярно-генетические методы, такие как гибридизация ДНК на метафазных хромосомах in situ.
Разрешающая способность и эффективность этих методов различна, наиболее перспективен в настоящее время метод гибридизации in situ.