По образному выражению Уильяма Хейса. (1965), "история: генетики в значительной своей части есть история попыток ответить на вопрос, что такое "ген". Эти попытки сопровождаются поиском удобных моделей и разработкой новых подходов и методов, позволяющих увеличить разрешающую способность генетического анализа и упростить процедуру поиска и выделения рекомбинантов, необходимых для внутригенного картирования.
Гибридологический метод Менделя на растениях позволил выявить существование наследственных единиц - генов.
Хромосомная теория наследственности, построенная в основном на экспериментах на дрозофиле, материализовала гены, привязав их к конкретным структурам в клетке - хромосомам. На ее основе были сформулированы первые представления о гене как неделимой единице функции, мутации и рекомбинации и предложены тесты для выявления аллельных мутаций - функциональный, не потерявший своего значения до настоящего времени, и рекомбинационный, применяемый теперь для внутреннего картирования.
На дрозофиле были также открыты явления "ступенчатого аллелизма" (Серебровский и др., 1929) и псевдоаллелизма (Оливер, 1940, Грин, 1949, Льюис, 1945), показавшие делимость гена мутациями и рекомбинациями.
Вовлечение в генетический анализ микроорганизмов и использование индуцированного мутагенеза, позволившего многократно увеличивать выход мутаций, сделало возможным внутригенное картирование генов в локусе rII фага Т4, при проведении которого был использован метод перекрывающихся делеций (Бензер, 1963). Этот принцип успешно используется другими исследователями для внутригенного картирования не только на прокариотах, но и на разных эукариотах. В процессе исследований разработаны методы селекции внутригенных рекомбинаций.
Развитие технологии получения рекомбинантных ДНК, клонирование фрагментов ДНК и индивидуальных генов, рестрикционный анализ и секвенирование, а также использование молекулярно-генетических маркеров, открывают новые возможности анализа тонкой структуры генов практически у любых организмов. Они исключают необходимость получения рекомбинантов путем скрещивания организмов и анализа огромного числа потомков. Разработка надежных методов идентификации мРНК для обнаружения клона, содержащего необходимый нам ген - одна из задач, решение которой сделает анализ тонкого строения не только структурных, но и регуляторных генетических элементов, "банальной процедурой" (Крик и др., 1986). Получение банков генов различных организмов и применение генно-инженерных методов создает перспективы для изучения на их основе функциональной значимости разных участков гена, регуляцию действия генов; они - основа для изучения генома человека.