Микроскоп требует бережного, аккуратного с ним обращения. Храниться он должен в футляре или в полиэтиленовом чехле в закрытом от доступа пыли шкафу. До и после работы фронтальные линзы микроскопа следует протереть чистой замшевой или фланелевой салфеткой. После окончания работы микроскоп ставят в нерабочее положение: револьверная пластинка повернута на четвертое, свободное от объективов гнездо, тубус опущен к предметному столику до отказа.
Установка освещения производится при малых увеличениях объектива 8 и окуляра 7, путем поворота зеркальца, дающего максимальное направление светового пучка от источника света.
Ориентировочный, общий обзор препарата начинают также с малого увеличения (7×8), работая исключительно макровинтом.
Детальное изучение обычно требует больших увеличений (сухой объектив 40 или иммерсионный объектив 90). Перевод на большие увеличения требует особой осторожности, так как рабочее пространство в этих случаях очень невелико. При работе с большими увеличениями тонкую фокусировку производят микровинтом.
После работы с масляной иммерсией следует снять масло с объектива предварительно обезжиренным (спирт, эфир) сухим пальцем.
При микроскопировании (при наличии одного окуляра) ведут наблюдение одним (как правило, левым) глазом, второй глаз должен быть открытым.
При работе с микроскопом одна рука регулирует установку микропрепарата, другая - занята винтами (макро- или микро-). При зарисовке препарата все эти манипуляции должна совершать одна, как правило, левая рука (в правой держат карандаш).