Клиническая иммуногенетика располагает собственным арсеналом методических средств, в очень незначительной степени позаимствованных из экспериментальной иммуногенетики, а в основном созданных для целей клинического анализа. В отличие от других клинических дисциплин она обладает значительным аппаратом математической обработки, позволяющим анализировать ассоциации и проводить клинико-иммунологические параллели.
Ниже приводятся принципы основных методов и детальная реализация некоторых из них, прошедших апробацию в лаборатории иммуногенетики НИИТиИО Минздрава СССР.