Изредка наблюдаемый в гетерокарионах обмен хромосомами между ядрами разного генотипа может быть использован в качестве нового метода выявления сцепления генов. Такой обмен был обнаружен у некоторых базидиомицетов, но наиболее детально проанализирован у дрожжей Saccharomyces cerevisiae [13]. В искусственно синтезированных гетерокарионах, образующихся, когда один из партнеров скрещивания несет мутацию kar1, блокирующую кариогамию, может происходить обмен хромосомами между ядрами. Перенос хромосом обнаруживается примерно у 2 % сегрегантов гетерокариона. При этом, естественно, наблюдается передача сразу всех сцепленных генов. В результате переноса образуется дисомик, который при последующем размножении теряет лишнюю хромосому (либо перенесенную, либо исходно присутствующую в наборе). Изучение поведения соответствующих маркеров может дать подтверждение их сцеплению.