Слияние протопластов можно использовать в качестве простого метода для разграничения хромосомного контроля фенотипического признака от внехромосомного контроля. Если один из родителей содержит автономную плазмиду, а другой является бесплазмидным штаммом, то после слияния и регенерации протопластов значительная часть потомства клеток с хромосомными маркерами бесплазмидного родителя должна содержать плазмидную ДНК и обладать соответствующим признаком. Так, было показано участие плазмиды в синтезе актиномицина Д [32] и фактора А [21] у стрептомицетов.