4.1.3. Определение расстояний на карте с помощью анализа гетероклонов

Проценты рекомбинации между локусами, вычисленные с помощью селективного анализа гаплоидных рекомбинантов, относительны, так как в условиях селективного давления наблюдается неравномерное распределение кроссинговеров на единицу длины карты вследствие их повышенного отбора возле селектируемых маркеров. Метод анализа гетероклонов лишен этого недостатка и в настоящее время является единственным методом для более точного определения расстояний между генами на карте. Колонии гетероклонов происходят от частично или полностью диплоидных клеток и содержат споры разных гаплоидных рекомбинантов, в том числе и родительских генотипов, что дает возможность непосредственно определять частоту генетической рекомбинации между локусами.

В табл. 4.5 приведен полный анализ семи гетероклонов, из которого вырисовываются основные черты данного метода. Главная особенность приведенных гетероклонов - нарушение эквивалентного соотношения частот аллелей и комплементарных генотипов, в том числе и генотипов родителей. Причина указанной аномалии кроется в структуре TR-генома (с концевыми избыточностями). Как видно из табл. 4.5, для возникновения одного члена пары комплементарных генотипов необходим лишь один кроссинговер, в то время как для образования второго члена пары необходимы три кроссинговера. Отсюда понятно, что частота генотипа, образованного в результате минимального числа перекрестов, всегда будет преобладать над частотой второго генотипа пары, требующего множественных перекрестов. Во избежание ошибок при определении процентов рекомбинации гетероклоны с резко выраженной редукцией аллелей во внимание не принимались. Метод анализа гетероклонов более трудоемок и сложен, чем анализ гаплоидных рекомбинантов.

Частоты рекомбинации между локусами, полученные при анализе гетероклонов в одном или разных скрещиваниях, суммируются и обрабатываются статистическим методом χ² (табл. 4.6). В результате применения двух генетических методов - селекции гаплоидных рекомбинантов и анализа гетероклонов - построены кольцевые карты геномов S. coelicolor A3 (2), S. olivaceus VKX, S. rimosus и др.

Таблица 4.5. Анализ гетероклонов (скрещивание 24 leu-1 X 204 his-2 сса-5 inl-2) [3]

Продолжение таблицы 4.5

Таблица 4.6. Определение расстояний между локусами [3]