У бактерий и фагов открыт ряд генов, ответственных за осуществление рекомбинации. У Е. coli мутации в двух сцепленных генах rее В и rее С приводят к снижению частоты рекомбинации примерно в 100 раз и подавлению активности экзонуклеазы V или АТФ-зависимой ДНКазы, хотя эти гены не контролируют ее структуру. В то же время мутанты более чувствительны к УФ и X лучам. При изучении реверсии генов rее В и rее С обнаружены два гена-супрессора (sbc), мутации которых восстанавливают способность клеток к рекомбинации через активацию нового пути рекомбинации, так называемого пути rее Е, и к активации экзонуклеазы VIII (ген sbc A). Мутации гена sbc В инактивируют экзонуклеазу I и активируют другой путь рекомбинации - rec F.
Мутации в гене sbc А у Е. coli приводят к полному подавлению рекомбинации даже при наличии нормально функционирующих генов rее В и rее С. Таким образом, в клетке Е. coli существует несколько путей рекомбинации бактериальной хромосомы.
Бактериофаги имеют собственные ферментные системы рекомбинации. У фага λ выявлены гены группы Red (гены ехо и bet, контролирующие экзонуклеазу λ и белок j соответственно). Экзонуклеаза λ расщепляет двойную спираль ДНК, создавая моноспиральные участки. Белок j подавляет экзонуклеазу клетки-хозяина, превращая ее фенотипически в Rec BC-. Это важно для развития фага, так как ДНК фага λ проникает в клетку в виде линейных молекул, а экзонуклеаза V разрушает незамкнутые линейные молекулы ДНК.
Имеются данные о том, что на частоту рекомбинации определенных мутаций влияет нуклеотидный состав некоторых участков гена. Это явление названо влиянием контекста на рекомбинацию.