Гены, контролирующие признак, могут быть локализованы в одной хромосоме. Очевидно, что расщепления в таких случаях зависят от того, в какой из хромосом (аутосоме или Х-хромосоме) локализуются гены, а также от расстояния между ними и типа взаимодействия. Сцепление генов легко обнаруживается в анализирующем скрещивании по отклонению от формул независимого наследования (1:1:1:1): в расщеплении уменьшается доля рекомбинантных классов, которую можно посчитать, определив таким образом процент кроссинговера. К сожалению, исследователь не всегда имеет анализаторы, которые обнаруживаются и отбираются, как правило, во втором гибридном поколении. Поэтому чаще сцепление выявляется на основе анализа F2, что сопряжено с рядом трудностей.