Вопреки распространенному мнению электронная микроскопия ДНК представляет собой простую, быструю и надежную методику. При этом изучаются индивидуальные молекулы ДНК и можно увидеть все молекулы, так что этот метод очень хорошо дополняет метод электрофореза в геле. При электрофорезе в геле выявляются лишь популяции молекул с одинаковыми размерами. Помимо обычной визуализации ДНК можно, исследуя гетеродуплексы, проводить картирование негомологичных областей.