Методы генетической инженерии. Генетика бактерий

Книга представляет собой практическое руководство по генетической инженерии бактерий, написанное американскими авторами. Подробно изложены методы экспериментов с мигрирующими генетическими элементами, методы конструирования гибридных молекул ДНК, техника работы с фаговыми, плазмидными и бактериальными ДНК. Справочный раздел содержит сведения о наиболее употребляемых средах для культивирования бактерий, условиях хранения штаммов бактерий и препаратов ДНК, ферментах рестрикции, физических картах плазмидных и фаговых векторов и т. д. Предназначена для молекулярных биологов, биохимиков, генетиков, микробиологов, вирусологов.

• О книге
• От редакции
• Предисловие
• Введение
  • Структура книги и содержание
  • Правила работы и безопасность
  • Номенклатура штаммов и мутаций
• Список штаммов
• Раздел I. Эксперименты
  • Эксперимент 1. Выделение вставок Tn10, приводящих к ауксотрофности
    • Введение
    • Обоснование и план эксперимента
    • Методика
    • Обсуждение
  • Эксперимент 2. Выделение вставок Tn10 вблизи определенных генов
    • Введение
    • Обоснование и план эксперимента
    • Методика
    • Обсуждение
  • Эксперимент 3. Делеции, вызванные элементом Tn10
    • Введение
    • Обоснование и план эксперимента
    • Методика
    • Обсуждение
  • Эксперимент 4. Локализованный мутагенез
    • Введение
    • Обоснование и план эксперимента
    • Методика
    • Обсуждение
  • Эксперимент 5. Выделение и характеристика точковых мутантов фага λ, полученных с помощью гидроксиламина
    • Введение
    • Обоснование и план эксперимента
    • Методика
    • Обсуждение
  • Эксперимент 6. Выделение делеционных мутантов λamp
    • Введение
    • Обоснование и план эксперимента
    • Методика
    • Обсуждение
  • Эксперимент 7. Картирование делеций
    • Введение
    • Обоснование и план эксперимента
    • Методика
    • Обсуждение
  • Эксперимент 8. Отбор клонов λgt-his по комплементации
    • Введение
    • Обоснование и план эксперимента
    • Методика
  • Эксперимент 9. Гибридизация бляшек
    • Введение
    • Обоснование и план эксперимента
    • Методика
    • Обсуждение
  • Эксперимент 10. Гибридизация из геля (блот-гибридизация)
    • Введение
    • Обоснование и план эксперимента
    • Методика
  • Эксперимент 11. Электронная микроскопия ДНК
    • Введение
    • Обоснование и план эксперимента
    • Методика
  • Эксперимент 12. Субклонирование из фага λ в плазмидном векторе
    • Введение
    • Обоснование и план эксперимента
    • Методика
  • Эксперимент 13. Встраивание F′tslac+, направляемое Tn10
    • Введение
    • Обоснование и план эксперимента
    • Методика
    • Обсуждение
• Раздел II. Методики
  • Методика 1. Очистка фага методом бляшек
    • I. Клетки-хозяева
    • II. А. Штрихование нижнего агара
    • II. Б. Штрихование сверху
    • III. Отбор бляшки уколом
    • IV. Титрование фага
    • Обсуждение
  • Методика 2. Получение препаратов фага
    • I. Клетки-хозяева
    • II. Засев чашек
    • III. Сбор фага
    • Обсуждение
  • Методика 3. Быстрый метод получения трансдуцирующего фага P22
    • Обсуждение
  • Методика 4. Очистка фага
    • I. Ступенчатые градиенты CsCl для ротора Beckman 50.1
    • II. Равновесный градиент для ротора SW 50.1
    • Обсуждение
  • Методика 5. Транспозиция элемента Tn10
    • I. Получение дефектного трансдуцирующего фага из штамма NK 337
    • II. Добавление отростков к головкам фага P22
    • III. Транспозиция при трансдукции
    • Обсуждение
  • Методика 6. Отбор мутантов TetS среди штаммов, несущих элемент Tn10
    • Обсуждение
  • Методика 7. Выявление фага λ с функционирующим геном β-лактамазы на чашках Red
    • Обсуждение
  • Методика 8. Индукция мутаций гидроксиламином
    • I. Выделение мутаций в фаге или клонированном гене (например, в гене β-лактамазы)
    • II. Локализованный мутагенез (по котрансдукции)
    • Обсуждение
  • Методика 9. Отбор делеционных мутантов фага λ
    • Обсуждение
  • Методика 10. Тесты на рекомбинацию и комплементацию фага in vivo
    • I. Стандартное скрещивание (для определения частоты рекомбинации или для создания рекомбинанта)
    • II. Комплементационный тест по размножению фага
    • III. Спот-тест на комплементацию мутантов фага (λ или P22)
    • Обсуждение
  • Методика 11. Выделение ДНК из фага λ
    • I. Формамидный метод
    • Обсуждение
    • II. Быстрый метод выделения ДНК фага λ
    • Обсуждение
    • III. Выделение ДНК из термоиндуцибельных лизогенов Sam7
    • IV. Разделение цепей ДНК фага λ
  • Методика 12. Выделение плазмидной и бактериальной ДНК
    • I. Выделение больших количеств плазмидной ДНК из E. coli
    • Обсуждение
    • II. А. Быстрый метод выделения плазмидной и (или) бактериальной ДНК из колоний или жидких культур
    • Обсуждение
    • II. Б. Быстрый метод выделения плазмидной ДНК из 10 мл жидкой культуры
  • Методика 13. Удаление бромистого этидия из ДНК, находящейся в растворе CsCl
    • Экстракция изопропанолом или бутанолом
    • Обсуждение
  • Методика 14. Образование гибридных фагов λgt
    • I. Расщепление ДНК
    • II. Ковалентное соединение с помощью ДНК-лигазы фага Т4
    • Обсуждение
  • Методика 15. Упаковка ДНК фага λ в вирусные частицы in vitro
    • I. Упаковка
    • II. Получение индуцированных упаковывающих клеток
  • Методика 16. Трансфекция ДНК фага λ
    • I. Выращивание клеток
    • II. Приготовление клеток
    • III. Заражение клеток ДНК
    • IV. Хранение клеток
    • Обсуждение
  • Методика 17. Субклонирование фрагментов ДНК в векторах-плазмидах E. coli
  • Методика 18. Трансформация плазмидной ДНК
  • Методика 19. Способность гибридного фага к комплементации в клетках E. coli
    • I. Литический отбор из пула гибридов E. coli
    • Обсуждение
    • II. Отбор из пула гибридов по двойным лизогенам
    • Обсуждение
  • Методика 20. Электрофорез в агарозном геле
    • I. Агарозный гель
    • II. Окрашивание ДНК в агарозных гелях
    • III. Фотографирование гелей, содержащих нуклеиновые кислоты
    • IV. Гели с глиоксалем
  • Методика 21. Перенос ДНК на нитроцеллюлозу или диазотированную бумагу
    • I. Перенос из агарозных гелей
    • II. Перенос из бляшек фага λ
    • Обсуждение
    • III. Перенос из бактериальных колоний
  • Методика 22. Внесение метки α-32P в ДНК с помощью ник-трансляции
    • I. Реакция
    • II. Дезоксирибонуклеозидтрифосфаты (dNTP)
    • III. ДНКаза
    • IV. Проверка включения 32P в ДНК
    • V. Выделение меченой ДНК
    • VI. Общие замечания
  • Методика 23. Гибридизация с иммобилизованной ДНК или РНК на твердом носителе
    • Обсуждение
  • Методика 24. Радиоавтография 32P, связавшегося с фильтром
  • Методика 25. Выделение ДНК из агарозного геля
    • I. Использование стеклянных фильтров
    • Обсуждение
    • II. Равновесное центрифугирование в градиенте плотности KI
    • III. Электроэлюция ДНК в гидроксилапатит
  • Методика 26. Быстрая оценка концентрации ДНК с использованием бромистого этидия
    • I. Метод с использованием чашки с агарозой
    • II. Метод с использованием пластиковой пленки, натянутой на кольцо
  • Методика 27. Электронная микроскопия ДНК
    • I. Водная методика
    • II. Формамидная методика
  • Методика 28. Обычная методика образования гетеродуплексов
    • I. Образование гетеродуплексов
    • II. Электронная микроскопия гетеродуплексов
  • Методика 29. Выделение ферментных препаратов из клеток, лизогенных по фагу λcI857 Sam7
    • I. Методики, общие для всех ферментов
    • II. Очистка ДНК-полимеразы I из лизата клеток E. coli 594 (см. список штаммов)
    • III. ДНК-лигаза фага T4 из лизата клеток E. coli E1150 (см. список штаммов)
• Раздел III. Приложения
  • Приложение 1. Среды, концентрации лекарственных препаратов, пищевые добавки
    • I. Среды
    • II. Концентрации антибиотиков
    • III. Пищевые добавки
  • Приложение 2. Диагностика ауксотрофов (ауксанография)
    • Обсуждение
  • Приложение 3. Хранение бактерий, фагов и ДНК
    • I. Хранение бактерий и фагов
    • II. Методики хранения
    • III. Хранение ДНК
  • Приложение 4. Буферы и растворы
    • I. Буферы
    • II. Концентрации растворов
  • Приложение 5. Подготовка трубок для диализа
  • Приложение 6. Измерение объемов, единицы
    • I. Измерение микролитровых объемов
    • II. Температура плавления ДНК
    • III. Время осветления
    • IV. Единицы
  • Приложение 7. Расщепление рестриктирующими эндонуклеазами
    • I. Методика
    • II. Свойства рестриктирующих эндонуклеаз
  • Приложение 8. Емкость векторов, образуемых на основе фага λ
  • Приложение 9. Рестрикционные карты
    • I. Карты фага λ и векторов, образуемых на основе фага λ
    • II. Карта плазмиды pBR322
  • Приложение 10. Карта делеций в гистидиновом опероне
  • Приложение 11. Шаблоны

Источник:
Девис Р., Ботстайн Д., Рот Д. 'Методы генетической инженерии. Генетика бактерий' - Москва: Мир, 1984 - с.176, ил.