Плазмида pBR322 - самая популярная плазмида, широко используемая для субклонирования фрагментов в клетках E. coli. Она содержит область начала репликации, полученную от плазмиды ColEl. Поэтому число копий самой этой плазмиды и связанной с ней ДНК достигает 30 на клетку. Плазмида pBR322 несет также гены, которые сообщают содержащим ее клеткам устойчивость к высоким концентрациям таких антибиотиков, как тетрациклин и ампициллин. Ген TetR лежит в области нуклеотидов 0-1500 на приведенной физической карте, а ген AmpR занимает область нуклеотидов 3600-4300. Начало репликации локализовано вблизи нуклеотида 2500.
Для многих рестриктаз в ДНК плазмиды pBR322 имеется лишь по одному сайту-мишени. Поэтому эти сайты можно использовать для клонирования. К таким рестриктазам относятся BamHI, SalI и HindIII (сайты для которых находятся в пределах гена TetR), PvuI и PstI (сайты для которых лежат в пределах гена AmpR), и EcoRI, AvaI, PvuII, ClaI и BalI (сайты для которых лежат вне последовательностей, необходимых для устойчивости к лекарственным препаратам или для репликации).