Приложение 9. Рестрикционные карты

I. Карты фага λ и векторов, образуемых на основе фага λ

Ранее были описаны некоторые из векторов, образованных на основе фага λ, которые были использованы для клонирования чужеродной ДНК и оказались очень удобными. На основе фага λ сконструировано много векторов. Однако большинство из них либо не было использовано для клонирования чужеродной ДНК, либо было сконструировано не самым оптимальным образом.

На рис. 1 приведена карта генома фага λ, на которой указаны координаты (в долях от длины генома λ⁺) многих фаговых генов. Под картой приведены некоторые делении и замещения. Изменение размера ДНК фага λ с делецией или замещением (в kb) приводится под названием затронутой области (например, область иммунности i21 на 2,45 kb короче замененной области у фага λ⁺). Под линией, изображающей замещение, указан размер этой не принадлежащей фагу λ последовательности (в kb). Приведены также координаты концов делений и замещений на карте фага λ.

Рис. 1. Карта фага λ

На рис. 2 и 3 показаны сайты расщепления ДНК фага λ рестриктирующими эндонуклеазами. Координаты этих сайтов определили Филипсен и Девис (Philipsen, Davis, готовится к печати) методами электронной микроскопии и электрофореза в агарозном геле, при помощи которых были получены сравнительные данные о длинах и подвижностях фрагментов ДНК фага λ и фрагментов ДНК φX174. Результаты, полученные методами электронной микроскопии и электрофореза, очень хорошо согласуются для всех фрагментов, за исключением тех, которые находятся вблизи координаты 0,85. Длины фрагментов из этой области, определенные с помощью электронного микроскопа, несколько превосходили те длины, которые были установлены по электрофоретической подвижности. Данные, представленные на карте, получены при усреднении результатов этих двух определений. Приведенная карта учитывает также и результаты работы Дэниелса с сотрудниками (Daniels et al., 1980). Полученные ими результаты не очень расходятся с нашими определениями. Длина ДНК фага λ⁺ определена равной 49,0 kb. Цифры над черточками указывают размеры соответствующих фрагментов (в kb). Цифры под черточками обозначают координаты сайтов рестрикции в долях длины ДНК λ⁺.

Рис. 2. Сайты расщепления ДНК фага λ рестриктирующими эндонуклеазами

Рис. 3

На рис. 4-14 ДНК векторов λ перекрестно заштрихованы. Делении обозначены тонкими линиями, над которыми приведены их названия. Те последовательности, которые происходят не из фага λ, заполнены точками и нарисованы выше основной линии ДНК λ, (например, область иммунности фага 21 на рис. 9 или фрагмент ДНК фага φ80 на рис. 10). На рис. 11 и 12 в правом плече показан также маленький кусочек ДНК фага φ80. Его присутствие удаляет сайт HindIII из ДНК фага λ. Те последовательности, которые имеются в векторе, но обычно отсутствуют в гибридах (т. е. замещаемые области векторов замещения), обозначены заполненными точками прямоугольниками, расположенными выше линии ДНК фага λ. Под линиями ДНК фага λ приведены координаты разрывов в последовательности ДНК фага λ. Над линиями ДНК указаны длины сегментов в kb. Указаны также полные длины левого и правого плеча в kb.

Рис. 4. Карта вектора λgtl-λB (EcoRI)

Рис. 5. Карта вектора λgt4 (EcoRI)

Рис. 6. Карта вектора λgt5-lac5 (EcoRI)

Рис. 7. Карты фага λ и вектора λgt7-ara6 (EcoRI)

Рисунки 8-10

Рис. 11. Карта вектора λ590 (Hind III)

Рис. 12. Карта вектора λ760 (Hind III)

Рис. 13. Карта вектора λgt30-Ec6 (Sal I, Xho I)

Рис. 14. Карта вектора λgt40 (Sst I)

Рис. 15

Литература

Daniels D. L., de Wet J. R., Blattner F. R., 1980. J. Virol, (в печати).