Для субклонирования используется векторная плазмида pBR322. Этот вектор является AmpRTetR Выделяют ДНК этой плазмиды и проводят ее очистку равновесным центрифугированием в градиенте плотности хлористого цезия с бромистым этидием. Для субклонирования можно пользоваться несколькими ферментами, но нужно заранее решить, какую рестриктазу будете для этого использовать. Лучше всего, однако, использовать рестриктазу EcoRI, так как именно этот фермент и использовался для получения гибридных фагов. Субклонирование может быть облегчено использованием двух рестрикционных ферментов (когда и вектор, и субклонируемый фрагмент расщепляют двумя ферментами, например EcoRI и SalI).